Recherche

Bioinformaticienne au sein du pôle biologie moléculaire et microbiologie (B2M), j’analyse principalement des données de séquençage ADN haut débit, en particulier des données de métabarcoding (technique permettant de déterminer les espèces présentes dans un échantillon environnemental par l’utilisation d’une courte séquence ADN), produites dans le cadre de projets de recherche du CRBE ou de collaborations externes. Pour faciliter l’analyse de ces données et leur reproductibilité, je développe des pipelines et outils permettant d’automatiser les analyses. J’assure également la formation et le conseil des personnels et étudiants sur l’analyse de données biologiques.

Enseignement

J’interviens dans le Master Bioinformatique et Génomique Environnementale de l’Université Toulouse III – Paul Sabatier où j’enseigne l’analyse de données de séquençage ADN. Je propose également plusieurs fois par an des formations en informatique et bioinformatique à destination des étudiants et personnels du CRBE.

Responsabilités, autres activités

• Référente développement durable du CRBE
• Membre de la commission numérique de l’Observatoire Midi-Pyrénées
• Élue ITA au Conseil de Laboratoire du CRBE
  
  

Exemples de projets auxquels je participe :

• Projet OFB BARCODRAIN (développement d’outils basés sur l’ADN environnemental des eaux de pluie et de ruissellement pour le suivi de la biodiversité terrestre en milieu tropical) : co-responsable du module 2 visant à compiler et compléter les banques de séquences d’ADN de référence pour la Guyane. Analyse de données de séquençage ADN haut-débit. Participation aux campagnes de terrain.
• Projet RINSHO (effet de la radio-contamination sur la biodiversité du sol et les processus de transfert et de transformation de la matière organique) : en charge de l’analyse des données de séquençage ADN haut-débit. Participation aux campagnes de terrain.

Sélection de publications

Zinger, L., Lionnet, C., Benoiston, A. S., Donald, J., Mercier, C., & Boyer, F. (2021). metabaR: an R package for the evaluation and improvement of DNA metabarcoding data quality. Methods in Ecology and Evolution, 12(4), 586-592.

Toutes les publications : https://scholar.google.com/citations?user=0BuKr6gAAAAJ&hl=fr&oi=ao