Pôle Biologie Moléculaire et Microbiologie
Exploration de la diversité génétique
Au sein du laboratoire CRBE, le pôle B2M soutient la communauté de recherche pour l’exploration de la diversité génétique, spécifique et fonctionnelle, dans un large spectre d’applications relevant de l’écologie, l’environnement et la biologie évolutive. Ce pôle permet la mise en œuvre des outils de biologie moléculaire et de microbiologie et procure des analyses bioinformatiques pour les activités de recherche (génomique de l’adaptation, la phylogéographie, la phylogénie, l’écologie des communautés et microbiologie évolutive) menées au Laboratoire. Le conseil, la formation et répondre aux acteurs publics et privés font également partie des activités de ce pôle. Le pôle B2M est situé au bâtiment 4R1 du campus de l’Université Toulouse 3 – Paul Sabatier à Toulouse.
Les services
Biologie moléculaire et bioinformatique
Offre de service :
Le service de biologie moléculaire et de bioinformatique assure la mise en place des techniques moléculaires et des pipelines bioinformatiques innovants permettant de caractériser la biodoversité avec des approches récentes à la caractérisation de la biodiversité. Les activités assurées par ce service incluent la préparation d’ADN et d’ARN (dosage, extraction, PCR/PCR digitale, séquençage haut débit (préparation librairies) aux analyses bioinformatiques. L’ADN environnemental (ADNe) provenant des échantillons naturels (eau, sol, sédiment, fèces, pollen, …) est une matrice sur laquelle le service a une large expérience pour des approches type métabarcoding (identification d’un pool de espèces via ‘une courte séquence ADN’) et la PCR digitale (détection des espèces ciblées). Le barcoding moléculaire (caractérisation génétique d’un spécimen à partir ‘une courte séquence ADN’) et le genome skimming (reconstruction de génome d’organelles par séquençage en « shotgun » de faible profondeur) font aussi partie des activités de ce service.
Personnels :
- Responsables technique : Anne-Sophie Benoiston et Amaya Iribar
- Personnels :
Microbiologie
Offre de service :
La service de microbiologie contribue à des projets de développement technologique avec des équipes travaillant sur la diversité microbienne des populations naturelles en relation avec les mécanismes moléculaires expliquant cette diversité. Ce service permet également de mettre en place des protocoles expérimentaux pour la caractérisation des microorganismes. Les principales activités de ce plateau sont les suivantes :
- culture, isolement, mise en collection (bactéries, champignons) ;
- cinétiques bactériennes (croissances et d’infestations) ;
- quantification (haut-débit et cytométrie) ;
- phénotypage à haut débit.
Ce service est également doté d’un laboratoire niveau L2.
Personnels :
- Responsable technique : Nathalie Parthuisot
- Personnel :
Collection Biologiques
Offre de service :
La collection biologique du CRBE est au service des projets de recherche de l’unité. Il s’agit de sécuriser, pérenniser et assurer une gestion efficace des collections du CRBE, acquises depuis 1985 dans le cadre des multiples projets de recherche. Il s’agit aussi d’accompagner le travail de recherche en rendant les échantillons rapidement accessibles et de répondre aux contraintes de la loi 2016 pour la reconquête de la biodiversité (archivage et traçabilité des échantillons biologiques pour une période de 20 ans). Cette collection est composée de plus de 200 000 échantillons (animaux, végétaux, champignons,…) qui incluent spécimens, tissus et leur ADN.
Personnels :
- Responsable technique : Bernadette GROSSO
- Personnels :
Les membres du pôle technique Biologie Moléculaire et Microbiologie
Comité scientifique de la plateforme B2M :
- Patricia Balaresque, génétique humaine, analyses de génomes
- Guillaume Besnard, évolution moléculaire, biologie moléculaire
- Philippe Gaubert, génétique de la conservation, écologie de la santé
- Patricia Jargeat, écologie microbienne, champignons
- Lucie Zinger, écologie des communautés, ADN environnemental