Recherche
Mes recherches combinent des approches de terrain et de génétique pour soutenir les efforts de conservation en faveur d’espèces emblématiques gravement menacées, principalement à Madagascar. Elles répondent à des objectifs à la fois appliqués (conservation) et fondamentaux (évolution) liés à la diversité des mammifères. Mes projets s’articulent autour de trois objectifs interdépendants : la conservation des espèces endémiques d’importance écologique et économique (lémuriens et carnivores), l’atténuation de l’impact des espèces envahissantes et la lutte contre le trafic d’espèces sauvages.
Conservation des espèces endémiques. Pour atteindre ces objectifs, j’utilise une gamme de méthodologies, notamment la taxonomie, l’étude des processus de diversification, la génétique du paysage et la modélisation démographique. Grâce à ces méthodes, nous visons à évaluer la diversité, à prédire la résilience aux changements d’habitat et de climat, et à promouvoir une conservation basée sur des données.
Espèces introduites. Mes recherches se penchent également sur la compréhension de l’introduction de mammifères (par exemple, les carnivores et les rongeurs) et leurs effets sur la faune indigène. Nous surveillons les interactions entre les espèces et utilisons l’analyse génétique pour déduire les routes de translocation et les trajectoires d’expansion. Les relevés de terrain, la génétique et la modélisation de niche nous aident à prédire comment les interactions exotiques-endémiques évoluent face aux changements globaux.
Lutte contre le trafic d’espèces sauvages. Nous avons récemment commencé à développer une base de données génétiques géoréférencées pour retracer la nature du commerce d’espèces sauvages et fournir aux autorités locales et aux acteurs concernés des outils pour identifier l’origine des saisies et les principales routes empruntées par le trafic.
Mes principaux collaborateurs au CRBE sont Lounès Chikhi et Phillipe Gaubert, ainsi que Tchana Almary, qui vient de commencer un doctorat sur la durabilité des paysages Malgaches.
Enseignement
J’enseigne peu chaque année (10-30heures), à l’Université Paul Sabatier, aux étudiants de Master, sur des sujets relatifs à mes recherches, c’est-à-dire en génétique des populations, en génomique, et en biogéographie. Par ailleurs, avec Anne-Sophie Benoiston, ingénieure bioinformaticienne du CRBE, nous avons monté deux cours que nous donnons régulièrement (une à deux fois par ans), aux personnels temporaires et permanents du CRBE (principalement) et qui concernent la reproductibilité des analyses avec RMarkdown ainsi que l’initiation aux langages BASH et SLURM et l’utilisation d’un cluster de calcul.
Responsabilités, autres activités
- Executive editor of “Madagascar Conservation Development”
- IUCN SSC Primate Specialist Group – Madagascar
Sélection de publications
2024-3 Sgarlata, G. M., Rasolondraibe, E., Salmona, J., … & Chikhi, L. (2024). The genomic diversity of the Eliurus genus in northern Madagascar with a putative new species. Molecular Phylogenetics and Evolution, 193, 107997.
2024-2 Schüßler, D., Blanco, M. B., Guthrie, N. K., Sgarlata, G. M., Dammhahn, M., Ernest, R., … Salmona, J. & Radespiel, U. 2024. Morphological variability or inter‐observer bias? A methodological toolkit to improve data quality of multi‐researcher datasets for the analysis of morphological variation. American journal of biological anthropology, 183(1), pp.60-78.
2024-1 Balboa, R. F., Bertola, L. D., Brüniche-Olsen, A., Rasmussen, M. S., Liu, X., …., Salmona, J., … & Heller, R. (2024). African bushpigs exhibit porous species boundaries and appeared in Madagascar concurrently with human arrival. Nature Communications, 15(1), 172.
2023-1 Salmona J, Dresen A, Ranaivoson AE, Manzi S, Le Pors B, et al. 2023. How ancient forest fragmentation and riparian connectivity generate high levels of genetic diversity in a micro-endemic Malagasy tree. https://doi.org/10.1101/2020.11.25.394544 . Version 4 of this preprint has been peer-reviewed and recommended by Peer Community In Evolutionary Biology (https://doi.org/10.24072/pci.evolbiol.100136). Molecular Ecology. 32(2):275-537, https://doi.org/10.1111/mec.16759
2022-4 Salmona J, Dayon J, Lecompte, E, Karamanlidis A A, Aguilar A, Fernandez De Larrinoa P, Pires R, Mo G, Panou A, Agnesi S, Borrell A, Danyer E, Öztürk B, Tonay A M, Anestis AK, Gonzalez L M, Dendrinos P, Gaubert. The antique genetic plight of the Mediterranean monk seal (Monachus monachus). Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences. 289:20220846. https://doi.org/10.1101/2020.11.25.394544.
2022-3 Tiley, G., van Elst, T., Teixeira H, Schüßler, D., Salmona, J., Blanco, MB., Ralison, JM., Rasoloarison RM., Randrianambinina, B., Stahlke, AR., Hohenlohe, PA., Chikhi, L., Louis, E.E., Radespiel, U., Yoder, AD. (2022). Population genomic structure in Goodman’s mouse lemur reveals long‐standing separation of Madagascar’s Central Highlands and eastern rainforests. Molecular ecology, 31(19), 4901-4918.
2021-5 Teixeira H, Salmona J, Arredondo A, Mourato B, Manzi S, Rakotondravony R, Mazet O, Chikhi L, Metzger J, Radespiel U. 2021 Impact of model assumptions on demographic inferences – the study case of two sympatric mouse lemurs in northwestern Madagascar. BMC Evolutionary Biology, 21: 197. https://doi.org/10.1186/s12862-021-01929-z
2021-4 Teixeira H, Montade V, Salmona J, Metzger J, Bremond L, Kasper T, Daut G, Rouland S, Ranarilalatiana S, Sousa VC, Chikhi L, Behling H, Radespiel U. 2021. Past environmental changes affected lemur population dynamics prior to human impact in Madagascar. Nature Communications Biology, 4 (1), 1-10. https://doi.org/10.1038/s42003-021-02620-1
2021-2 Poelstra, J. #, Salmona, J. #, Tiley, G. P. #, Schüßler, D., Blanco, M. B., Andriambeloson, J. B., Bouchez, O., Campbell, C. R., Etter, P. D., Hohenlohe, P. A., Hunnicutt, K. E., Iribar, A., Johnson, E. A., Kappeler, P. M., Larsen, P. A., Manzi, S., Ralison, J. M., Randrianambinina, B., Rasoloarison, R. M., Rasolofoson, D. W., Stahlke, A.R., Weisrock, D., Williams R.C., Chikhi, L., Louis, E.E., Radespiel, U., Yoder, A. D. 2020. Cryptic Patterns of Speciation in Cryptic Primates: Microendemic Mouse Lemurs and the Multispecies Coalescent. Systematic Biology, syaa053. https://doi.org/10.1093/sysbio/syaa053, #Shared first authors.
2020-3 Schüßler D, Blanco MB, Salmona J, Poelstra J, Tiley GP, Andriambeloson JB, Miller A, Randrianambinina B, Rasolofoson DW, Mantilla-Contreras J, Chikhi L, Louis EE, Yoder AD, Radespiel U. 2020. Ecology and morphology of mouse lemurs (Microcebus spp.) in a hotspot of micro-endemism in northeastern Madagascar with the description of a new species. American Journal of Primatology. 82 (9), e23180. https://doi.org/10.1002/ajp.23180
2020-2 Hending D, Sgarlata GM, Le Pors B, Rasolondraibe E, Jan F, Rakotonanahary A, Ralantoharijaona T, Debulois S, Andrianiaina A, Cotton S, Rasoloharijaona S, Zaonarivelo JR, Andriaholinirina NV, Chikhi L*, Salmona J*. 2020. Distribution and conservation status of the Endangered Amber Mountain fork-marked lemur (Phaner electromontis). Journal of Mammalogy.101 (4), 1049-1060. *shared senior authors https://doi.org/10.1093/jmammal/gyaa065.
2020-1 Salmona J., Olofsson, J, Hong-Wa C, Razanatsoa J, Rakotonasolo F, Ralimanana H, Randriamboavonjy, T., Suescun U, Vorontsova MS, Besnard G. 2020. Late Miocene origin and recent population collapse of the Malagasy savanna olive tree (Noronhia lowryi). Biological Journal of the Linnean Society, 129:227-243. https://doi.org/10.1093/biolinnean/blz164
2019-3 Sgarlata GM*, Salmona J*, Le Pors B, Rasolondraibe, Jan F, Ralantoharijaona T, Rakotonanahary A, Randriamaroson J, Doncheff Marques AJ, Aleixo Pais I, Dezoeten T, Ousseni DSA, Knoop S, Teixeira H, Gabillaud V, Miller A, Ibouroi MT, Zaonarivelo JR, Andriaholinirina NV, Chikhi L. 2019 Genetic and morphological diversity of mouse lemurs (Microcebus spp.) in northern Madagascar: The discovery of a putative new species?. American Journal of Primatology. e23070. https://doi.org/10.1002/ajp.23070. *Shared first authors.
2019-1 Aleixo-Pais, I*., Salmona, J*., Sgarlata, G.M., Rakotonanahary, A., Sousa, A.P., Parreira, B., Kun-Rodrigues, C., Ralantoharijaona, T., Jan, F., Rasolondraibe, E. Minhós, T. Zaonarivelo, JR. Andriaholinirina, N., & Chikhi, L. 2019. The genetic structure of a mouse lemur living in a fragmented habitat in Northern Madagascar. Conservation Genetics, 2:20, 229-243. https://doi.org/10.1007/s10592-018-1126-z. *Shared first authors.
2018-3 Salmona, J., Rasolondraibe, E., Jan, F., Ralantoharijaona, T., Le Pors, B., Saïd Ousseni, D Aleixo-Pais I, Doncheff Marques AJ, Sgarlata GM, Teixeira H, Gabillaud V, MillerA, Ibouroi MT, Zaonarivelo JR, Andriaholinirina NV, Chikhi, L. 2018. Re-discovering the forgotten Phaner population of the small and isolated Analafiana forest (Vohémar, SAVA). Lemur News, 21:31-36.
2017-1 Salmona, J., Heller, R., Quéméré, E., & Chikhi, L. 2017. Climate change and human colonization triggered habitat loss and fragmentation in Madagascar. Molecular Ecology, 26:5203-22. https://doi.org/10.1111/mec.14173. + supp.data
2015-2 Salmona, J., Teixeira, H., Rasolondraibe, E., Pais, I., Kun-Rodrigues, C., Rakotonanahary, A., Jan, F., Rabarivola, C., Zaonarivelo, J.R., Andriaholinirina, N., Chikhi, L., 2015. Genetic diversity, population size, and conservation of the Critically Endangered Perrier’s sifaka (Propithecus perrieri). International Journal of Primatology. 36, 1132–1153. https://doi.org/10.1007/s10764-015-9881-x
2015-2 Salmona, J., Banks, M., Ralantoharijaona, T., Rasolondraibe, E., Rakotonanahary, A., Sewall, B. J., & Chikhi, L. 2015. The value of the spineless monkey orange tree (Strychnos madagascariensis) for the conservation of northern sportive lemurs (Lepilemur milanoii and L. ankaranensis). Madagascar Conservation & Development, 10(2), 53–59. https://doi.org/10.4314/mcd.v10i2.3
2014-3 Salmona, J., Rasolondraibe, E., Jan, F., Besolo, A., Rakotoarisoa, H., Meyler, S.V., Wohlhauser, S., Rabarivola, C., Chikhi, L., 2014. Conservation Status and Abundance of the Crowned Sifaka (Propithecus coronatus). Primate Conservation 28, 73–83.
2014-1 Salmona, J., Jan, F., Rasolondraibe, E., Besolo, A., Saïd Ousseni, D., Beck, A., Zaranaina, R., Rakotoarisoa, H., Rabarivola, C., Chikhi, L., 2014. Extensive survey of the Endangered Coquerel’s sifaka (Propithecus coquereli). Endangered Species Research 25, 175–183. https://doi.org/10.3354/esr00622
2012-3 Salmona, J., Salamolard, M., Fouillot, D., Ghestemme, T., Larose, J., Centon, J.-F., Sousa, V., Dawson, D.A., Thebaud, C., Chikhi, L., 2012. Signature of a pre-human population decline in the critically endangered Reunion Island endemic forest bird Coracina newtoni. Plos One 7, e43524. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0043524