BARCODRAIN : développement d’outils basés sur l’ADN environnemental des eaux de pluie et de ruissellement pour le suivi de la biodiversité terrestre en milieu tropical
Objectif du projet
BARCODRAIN a pour objectif de développer de nouveaux outils de détection ou d’inventaire haut-débit de la biodiversité basés sur l’ADN environnemental (ADNe) contenu dans les eaux de pluies et de ruissellement. Ces outils se veulent simples, faciles et rapides à mettre en œuvre par les acteurs locaux de l’environnement afin d’améliorer l’échantillonnage, la détection d’espèces et le suivi de la biodiversité terrestre et semi-aquatique en Guyane.
Membres du laboratoire impliqués
Coordination: Amaya Iribar et Lucie Zinger.
Autres membres impliqués: Anne-Sophie Benoiston, Jérôme Chave, Yves Cuenot, Lucie Moreau, Jérémy Raynaud et Uxue Suescun.
Actions
Face aux pressions anthropiques qui pèsent sur les habitats naturels de Guyane, améliorer la connaissance et la surveillance de la biodiversité est un enjeu majeur. Mais la surveillance de la biodiversité reste une tâche ardue dans les écosystèmes de Guyane, qui abritent une biodiversité extrêmement riche mais encore partiellement connue et complexe à inventorier. Cette surveillance est de plus souvent focalisée sur un seul clade et dépend d’une expertise taxonomique de plus en plus rare. En conséquence, les inventaires de la biodiversité dans ces milieux sont difficiles, lourds et coûteux à réaliser. Le projet BARCODRAIN a pour objectif d’améliorer la surveillance de la biodiversité multi-trophique terrestre guyanaise (c-à-d. vertébrés, invertébrés, et plantes) par le développement de méthodes innovantes d’inventaire de la biodiversité basés sur l’ADNe provenant des eaux de pluie et de ruissellement. En effet, la pluie transporte et concentre l’ADN issu des tissus, excrétions, et/ou excréments des organismes présents au sol ou dans la canopée. Cet ADNe couplé au métabarcoding moléculaire offre ainsi la perspective d’inventorier la diversité d’un large spectre taxonomique de façon rapide, peu coûteuse, à haut débit, et sur une couverture spatiale importante.
Pour atteindre cet objectif, BARCODRAIN évalue la performance de capteurs d’ADNe d’eau de pluie et ruissellement composés de différents matériaux (dont certains simples comme le coton ou la céramique) et des stratégies d’échantillonnages pour inventorier la biodiversité et détecter des espèces patrimoniales ou envahissantes dans cinq habitats emblématiques de Guyane et présentant de forts gradients pluviométriques et de structure de végétation. BARCODRAIN a aussi pour objectif de contribuer à la complétion des banques de séquences ADN référence pour la Guyane. Enfin, pour faciliter le transfert des méthodes basées sur l’ADNe d’eau de pluie/ruissellement aux acteurs de l’environnement, BARCODRAIN développe des outils in situ, permettant d’établir un diagnostic directement sur le terrain.
Durée
3 ans (2023-2026)
Partenaires
- Laboratoires EcoFoG (Kourou)
- LECA (Grenoble)
- ISYEB (Paris)
- CEFE (Montpellier)
- AMAP (Montpellier)
- BioGeco (Bordeaux)
- LEHNA (Villeurbanne)
- Zoo de Cayenne
- Herbier de Cayenne
- Conservatoire des Espaces Naturels de Guyane
Financeur
BARCODRAIN est un projet financé par l’Office Français de la Biodiversité dans le cadre de l’appel à manifestation d’intérêt 2022 « Développement de la surveillance de la biodiversité terrestre dans les Outre-mer ».