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Zinger lucie

Lucie

ZINGER

Maître de conférences
ENS-PSL détachée CNRS
Membre de l’équipe
lucie.zinger@univ-tlse3.fr

Recherche

Recrutée en 2016 en tant que Maître de Conférence de l’École Normale Supérieure et de l’Université Paris Sciences & Lettres, je suis maintenant détachée en tant que chercheuse CNRS au CRBE depuis Janvier 2024. Mes activités de recherche sont à l’interface de l’écologie des communautés, la macroécologie, l’écologie microbienne, la biologie moléculaire, et la bioinformatique. Mes travaux ont pour principaux objectifs: (i) de développer un cadre méthodologique et conceptuel relatif aux techniques basées sur l’ADN environnemental (ADNe, essentiellement ADN métabarcoding) de façon à (ii) mieux décrire les patrons de diversité  des communautés microbiennes et d’invertébrés et (iii) mieux comprendre les processus écologiques et évolutifs façonnant ces patrons dans un monde en mutations. Afin de réaliser ces objectifs, je m’appuie sur des approches comparatives in natura ou expérimentales déployées à la fois dans des milieux terrestres (comme les pelouses alpines ou les forêts tempérés et tropicales), aquatiques (essentiellement marins, via mon implication dans l’International Census of Marine Microbes et Tara Océans), ou associées à des hôtes (p.ex. Lézard, fourmis, plantes). Lauréate du programme junior TULIP (https://www.labex-tulip.fr/), mes recherches depuis mon arrivée au CRBE portent plus particulièrement sur le développement d’outils ADNe de terrain et les couplages entre compartiments aériens et souterrains des forêts tropicales en Amérique du Sud, en particulier dans un contexte de changements globaux (changements d’usage des sols et du climat).

Enseignement

Entre 2016 et 2022, j’ai coordonné plusieurs modules relatifs a l’écologie dans le cadre du Master IMaLiS (International Master of Life Sciences) au département de Biologie de l’ENS – PSL. Je donne aussi régulièrement des cours invités dans des écoles thématiques relatives à l’ADN environnemental.

Responsabilités, autres activités

Sélection de publications

Litchman E., Villéger S., Zinger L., Auguet J.-C., Thuiller W., Philippot L., Violle C. (in press) Functional distinctiveness and rarity in microbes. Trends in Ecology and Evolution. doi: https://doi.org/10.1016/j.tree.2024.06.005

Fromm E, Zinger L., Pellerin F., Di Gesu L., Jacob S., Winandy L., Aguillée R., Parthuisot N., Iribar Pelozuelo A., Sescun U., White J., Bestion E., Cote J. (2024) Warming effects on lizard gut microbiota depends on habitat connectivity. Proceedings of the Royal Society B 291:20240220 doi: https://doi.org/10.1098/rspb.2024.0220

Fountain-Jones N., Giraud T., Zinger L., Bik H., Creer S., Videvall E. (2024) Molecular ecology and microbiomes in the wild: methodological advances, common pitfalls and future directions. Molecular Ecology 33(2):e17223. doi: https://doi.org/10.1111/mec.17223

El Hourany R., Pierella Karlusich J.J., Zinger L., Liosel H., Levy M., Bowler C. (2024) Linking satellites to genes with machine learning to estimate major phytoplankton groups from space. Ocean Science 20:217–239. doi: https://doi.org/10.5194/os-20-217-2024 

Pierella Karlusich J.J., Pelletier E., Zinger L., Lombard F., Zingone A., Colin S., Gasol J., Dorell R., Scalco E., Acinas S., Wincker P., de Vargas C., Bowler C. (2023) A robust approach to estimate relative phytoplankton cell abundance from metagenomes. Molecular Ecology Resources 23(1):16-40. doi: https://doi.org/10.1111/1755-0998.13592

Tedersoo, L., Bahram, M., Zinger L., Nilsson, H., Kennedy, P., Yang, T., Anslan, S., Mikryukov, V. (2022) Best practices in metabarcoding of fungi: from experimental design to results. Molecular Ecology 31(10):2769-2795. doi: https://doi.org/10.1111/mec.16460

Calderon-Sanou I., Zinger L., Hedde M., Martinez-Almoyna C., Saillard A., Renaud J., Gielly L., Khedim N., Lionnet C., Ohlmann M., Orchamp Consortium, Münkemüller T., Thuiller W (2022). Energy and physiological tolerance explain multi-trophic soil diversity in temperate mountains. Diversity and Distribution 28:2549-2564. doi: https://doi.org/10.1111/ddi.13529

Zinger L., Lionnet C., Benoiston A.-S.$, Donald, J.$, Mercier, C., Boyer F. (2021) metabaR: an R package for the post bioinformatics evaluation and improvement of metabarcoding data quality. Methods in Ecology and Evolution 12(4):586-592. doi: https://doi.org/10.1111/2041-210X.13552

Arribas P., Andujar C., Bidartondo M., Bohmann K., Coissac E., Creer S., de Waard J., Elbrecht V., Ficetola F., Goberna M., Krehenwinkel H., Leese F., Novotny V., Ronquist F., Yu D.W., Zinger L., Creedy T., Meramveliotakis E., Noguerales V., Overcast I., Morlon H., Vogler A.P., Papadopoulou A., Emerson B.C. (2021) Connecting high-throughput biodiversity inventories – opportunities for a site-based genomic framework for global integration and synthesis. Molecular Ecology 30(5):1120-1135. doi: https://doi.org/10.1111/mec.15797

Calderón-Sanou I., Münkemüller T., Boyer F., Zinger L. & Thuiller W. (2020) From environmental DNA sequences to ecological conclusions: How strong is the influence of methodological choices? Journal of Biogeography 47:193-206. doi: https://doi.org/10.1111/jbi.13681 

Zinger L., Donald J., Brosse S., Iribar A., Gonzalez M.A., Leroy C., Murienne J., Orivel J., Schimann H., Taberlet P. Lopes C.M. (2020) Advances and prospects of eDNA in the Neotropical rainforests. Advances in Ecological Research 62:331-373. doi: https://doi.org/10.1016/bs.aecr.2020.01.001

Ibarbalz F.M., Henry N., Brandão M.C., Martini S., Busseni G., Byrne H., Endo H., Gregory A.C., Rigonato J., Royo-Llonch M., Salazar G., Soviadan D., Zayed A., Labadie K., Ferland J., Marec C., Kandels S., Picheral M., Dimier C., Poulain J., Pisarev S., Carmichae M., Pesant S. Tara Oceans Coordinators, Babin M., Iudicone D., Jaillon O., Wincker P., Acinas S.G., Ogata H., Pelletier E., Stemmann L., Sullivan M.B., Sunagawa S., Bopp L., de Vargas C., Karp Boss L., Lombard F., Bowler C.*, Zinger L.* (2019) Global trends of marine plankton diversity across kingdoms of life. Cell 179(5):1084-1097.e21. doi: https://doi.org/10.1016/j.cell.2019.10.008

Zinger L., Bonin A., Alsos I.G., Bálint M., Bik H., Boyer F., Chariton A.A., Creer S., Coissac E., Deagles B.E., De Barba M., Dickie I.A., Dumbrell A., Ficetola G.F., Fierer N., Fumagalli L., Gilbert M.T.P., Jarman S., Jumpponen A., Kauserud H., Orlando L., Pansu J., Pawlowski J., Tedersoo L., Thomsen P.F., Willerslev E., Taberlet P. (2019) DNA metabarcoding – need for robust experimental designs to draw sound ecological conclusions. Molecular Ecology 28(8):1857-1862. doi: https://doi.org/10.1111/mec.15060

Zinger L., Taberlet P., Schimann H., Bonin A., Boyer F., De Barba M., Gaucher P., Gielly L., Giguet-Covex C., Iribar A., Réjou-Méchain M., Rayé G., Rioux D., Schilling V., Thymen B., Viers J., Zouiten C., Thuiller W., Coissac E., Chave J. (2019) Body size determines soil community assembly in a tropical forest. Molecular Ecology 28:528-543. doi: https://doi.org/10.1111/mec.14919

Taberlet P., Bonin A., Zinger L., Coissac E. (2018) Environmental DNA for biodiversity research and monitoring, 1st edition. Oxford University Press, Oxford. pp. 1-268. Online INSB: 9780198767220. doi: https://doi.org/10.1093/oso/9780198767220.001.0001

Ohlmann M., Mazel F., Chalmandrier L., Bec S., Coissac E., Pansu J., Schilling V., Taberlet P., Zinger L., Chave J., Thuiller W. (2018) Mapping the imprint of biotic interactions on β-diversity. Ecology Letters 21(11): 1660-1669. doi: https://doi.org/10.1111/ele.13143

Ser-Giacomi E., Zinger L.*, Malviya S*, De Vargas C., Karsenti E., Bowler C., De Monte S. (2018) Ubiquitous abundance distribution of non-dominant plankton across the world’s ocean. Nature Ecology and Evolution 2:1243-1249. doi: https://doi.org/10.1038/s41559-018-0587-2

Bestion E., Jacob S., Zinger L., Di Gesu L., Richard M., White J., Cote J. (2017) Climate warming reduces gut microbiota diversity in a vertebrate ectotherm. Nature Ecology and Evolution 1(6): 0161. doi: https://doi.org/10.1038/s41559-017-0161

Zinger L., Boetius A., Ramette A. (2014) Bacterial taxa-area and distance-decay relationships in marine environments, Molecular Ecology 23(4):954-964. doi:  https://doi.org/10.1111/mec.12640

Zinger L., Amaral-Zettler L.A., Fuhrman J.A., Horner-Devine M.C., Huse S.M., Mark Welch D.B., Martiny J.B.H., Sogin M., Boetius A., Ramette A. (2011) Global patterns of bacterial beta-diversity in seafloor and seawater ecosystems. PLoS One 6(9):e24570. doi: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0024570 

* contributions égales